Pierino Prati nasce il 13 dicembre 1946 a Cinisello Balsamo. La sua carriera calcistica è segnata soprattutto dal periodo rossonero: con la maglia del Milan disputa sei stagioni e mezza tra il 1966 e il 1973, vincendo sette trofei.
Nel 1967/68, alla prima annata completa in rossonero dopo il prestito al Savona, si laurea capocannoniere della Serie A con 15 reti e trascina il Milan al nono Scudetto della sua storia. Nella stessa annata conquista anche la Coppa delle Coppe, mentre l'anno successivo arriva la Coppa dei Campioni: Prati segna una tripletta nella finale vinta 4-1 contro l'Ajax. In rossonero vince anche la Coppa Intercontinentale nel 1969, un'altra Coppa delle Coppe nel 1973 e 2 Coppe Italia (1972 e 1973).
Dopo il Milan, veste la divisa della Roma dal 1973 al 1977, realizzando 41 gol in 110 partite. Nel finale della sua carriera gioca con la Fiorentina e il Savona, oltre ad una breve parentesi negli USA con i Rochester Lancers nel 1979.
In Nazionale arriva il 6 aprile 1968, nella stagione dell'esplosione in rossonero. Debutta in Bulgaria-Italia 3-2, gara di qualificazione alla fase finale degli Europei del 1968, segnando il secondo gol degli Azzurri. Va a bersaglio anche nella gara di ritorno, giocata a Napoli, vinta 2-0 dalla squadra di Valcareggi. L'Italia approda così alla semifinale con l'URSS (vinta alla monetina), dove Prati è ancora in campo, così come nella prima delle due finali disputate contro la Jugoslavia.
Laureatosi campione d'Europa, disputa altre dieci gare in Nazionale, togliendosi lo sfizio di realizzare anche una doppietta il 17 giugno 1972 a Bucarest contro la Romania (3-3). Chiude la carriera in azzurro il 28 settembre 1974 (Jugoslavia-Italia 1-0 a Zagabria) con 14 presenze e 7 reti all'attivo.