Emiliano Moretti è nato a Roma l'11 giugno del 1981. La sua carriera calcistica inizia nelle giovanili della Lodigiani, con la quale nel 1998 debutta in Serie C1, collezionando 5 presenze.
All'età di 17 anni, viene così ingaggiato dalla Fiorentina che gli consente di esordire nella massima serie grazie al tecnico Roberto Mancini, e di aggiudicarsi il primo trofeo della sua carriera: la Coppa Italia 2000-01. Punto fermo della squadra nella stagione successiva, il 5 luglio del 2002, diventa ufficialmente un giocatore della Juventus, che gli concede l'esordio da titolare anche in Champions League.
Dopo una breve parentesi in prestito al Modena e successivamente al Bologna, nell'estate del 2004 si trasferisce al Valencia di Claudio Ranieri, dove, nonostante un brutto infortunio, disputa complessivamente 172 partite, accrescendo il suo palmares con una Supercoppa Europea ed una Coppa di Spagna.
L'11 luglio del 2009 torna in patria, difendendo i colori del Genoa: la sua avventura con i grifoni, si conclude dopo quattro stagioni con 121 presenze e 2 gol tra Campionato, Coppa Italia ed Europa League.
Trasformato negli anni da terzino sinistro a difensore, il mancino romano apre un nuovo ciclo della sua carriera sposando, nell'estate del 2013, il progetto del Torino, suo attuale club di appartenenza, dove diventa ben presto una colonna portante della difesa di Giampiero Ventura.
Sin da subito nel giro azzurro, conquista diversi prestigiosi trofei con le Nazionali giovanili: nel 1998 si laurea vice-campione d'Europa con l'Under 16, mentre sei anni più tardi con l'Under 21, vince gli Europei di categoria in Germania e il bronzo Olimpico ad Atene 2004.
La sua prima convocazione con l'Italia dei grandi, si materializza esattamente dieci anni più tardi. Il ct Antonio Conte, infatti, lo schiera titolare nell'amichevole di Genova contro l'Albania, diventando così all'età di 33 anni, 5 mesi e 7 giorni, il giocatore italiano più anziano ad aver debuttato in azzurro. Qualche mese dopo, il 31 marzo del 2015, trova ancora spazio nell'impegno amichevole contro l'Inghilterra, disputato allo Juventus Stadium di Torino e terminato 1-1.