Primo incarico

Succede a Trapattoni il 24 giugno 2004. Esordisce nell'amichevole contro l'Islanda, perdendo 2-0. Successivamente vince le prime due gare di qualificazione ai Mondiali, mentre in ottobre subisce un'altra sconfitta (per mano della Slovenia). A partire dall'incontro seguente, vinto per 4-3 con la Bielorussia, viene aperta una striscia di imbattibilità che prosegue per l'intero girone eliminatorio. L'8 ottobre 2005, battendo gli sloveni, ottiene la qualificazione alla fase finale con un turno di anticipo.

Al campionato del mondo 2006 giocato in Germania l’Italia non parte con i favori del pronostico, ma, dopo aver battuto in semifinale la Germania per 2-0 (al termine dei supplementari) vince in finale contro la Francia per 5-3 dopo i calci di rigore. Gli Azzurri tornano sul tetto del mondo e mettono in bacheca la quarta stella.

Il 12 luglio 2006 Lippi annuncia l'addio alla panchina azzurra.

Secondo incarico

Il 26 giugno 2008, in seguito all'esonero di Donadoni, riprende l'incarico di ct e, in seguito alla 31ª uscita consecutiva senza sconfitte (serie aperta nel 2004), Lippi supera il primato di Pozzo, imbattuto per 30 incontri nel periodo 1935-1939 (con in mezzo, anche per lui, la vittoria del titolo mondiale).

Nel giugno 2009 la Nazionale partecipa alla Confederations Cup da campione mondiale: l'avventura finisce già al primo turno, complice un'altra sconfitta con il Brasile. Successivamente l’Italia si qualifica al campionato del mondo 2010, ancora con un turno di anticipo (grazie al 2-2 contro l'Irlanda). In Sudafrica tuttavia non supera la fase a gironi, pareggiando le prime due gare con Paraguay e Nuova Zelanda e perdendo con la Slovacchia nella sfida decisiva subendo così una prematura eliminazione al primo turno da campione uscente. Alla naturale scadenza del contratto, Lippi lascia la Nazionale.