Dopo l'eliminazione dell'Italia ai quarti di finale del campionato del mondo 1998, Zoff viene chiamato a sostituire Cesare Maldini sulla panchina azzurra in vista del campionato d'Europa 2000, disputato congiuntamente in Belgio e Olanda. Sotto la sua guida, l’Italia raggiunge l'ultimo atto del torneo, dopo avere eliminato in semifinale i padroni di casa ai calci di rigore.

Nella finale contro la Francia, dopo essere stata in vantaggio fino agli ultimi minuti, proprio allo scadere l’Italia si fa raggiungere da Wiltord: ai supplementari un golden goal segnato da Trezeguet regala la vittoria alla Francia che si laurea campione d’Europa. Criticato pubblicamente per le sue scelte tattiche, Zoff rassegnò le proprie dimissioni.