Mirko Valdifiori nasce a Lugo il 21 aprile 1986. La sua carriera parte dalle giovanili del Cesena, con i romagnoli esordisce in Serie B nella stagione 2004/2005. Dopo due stagioni nella cadetteria approda in Serie C1, prima al Pavia e successivamente al Legnano. Nell’estate 2008 torna in Serie B, all’Empoli, sua attuale squadra. Alla sesta stagione in Toscana ottiene la promozione nella massima serie, al termine del campionato 2013/2014, nel quale totalizza 40 presenze. Il 31 agosto 2014, all’età di 28 anni, fa il suo debutto nella massima serie nella partita Udinese-Empoli (2-0). Esordisce in Nazionale il 31 marzo, nell'amichevole tra Italia e Inghilterra disputatasi a Torino e terminata 1-1.