Nel torneo 2006 la corsa prosegue con un girone dominato: 8 vittorie, 1 parie 1 ko, primo posto davanti a Slovenia e Norvegia. Fase Finale in Portogallo: rimonta con la Danimarca da 1-3 a 3-3 all’esordio (Chiellini impatta al 90’), vittoria con l’Ucraina (1-0 ancora Chiellini), ma il ko con i Paesi Bassi ci fa finire al 3° posto, fuori dalle semifinali. L’eliminazione costa la panchina a Gentile, sostituito da Pierluigi Casiraghi.